2007年上半年，安徽省审计厅对归口安徽省科技厅管理的2004—2006年度科技三项费用使用和管理情况进行了专项审计调查。审计调查表明，三年来，安徽省省级财政每投入1元科技三项费用资金，就拉动了社会R&D投入50.3元，比中部六省平均数高出52%；共争取到科技部科技经费投入4.84亿元，有力地支持了安徽省科技事业发展。
近年来，在安徽省委、省政府的正确领导下，在社会各界的大力支持下，安徽省省级科技三项费用资金逐年增加，由2004年的0.41亿元上升到1.2亿元，年递增率71.1%。安徽省科技厅严格科技三项费用管理，力求发挥效益。一是规范和加强科技三项费用资金管理。不断强化制度建设，制定了《安徽省应用技术研究与开发资金管理暂行办法》、《安徽省科技计划项目管理暂行办法》等管理制度，加强财政科技经费管理和科技计划项目的效能跟踪督查，强化内部审计监督，明确职责，规范经费安排和使用，保障资金安全。二是扶持实施了一批科技计划项目，取得了较好的社会和经济效益。尤其是重点支持了安徽省一批骨干企业（如奇瑞、马钢、江汽、铜陵有色等）的重大科技攻关项目，用于支持工业企业的研发资金达7341万元，强化了企业在技术创新体系中的主体地位，为工业强省增添了动力。三是以科技三项费用项目为牵引，加强部门互动和上下联动。如，围绕与科技部、中科院、国家知识产权局的工作会商制度，落实议定事项，争取国家支持；与省经委等部门联手启动实施11个“十一五”重大科技专项，与省发改委等6部门联合实施“技术创新引导工程”，与省财政厅、农委共同实施科技富民强县行动计划和粮食丰产科技工程，与省委组织部等6部门联合开展科技特派员创业行动试点工作，形成了联手互动的工作机制。
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